题主的猜测是对的！大部分钙质确实来源于蛋壳。
说一个亲身经历，2015 年时，我孵化了一批鸡蛋，等到小鸡出壳时，我偶然发现，出壳时的鸡蛋壳似乎变薄也变脆了，甚至仅剩 2 层 A4 纸的厚度，比入孵时的蛋壳要薄得多。
当时我就猜想：
1.这是不是偶然现象？
2.会不会在孵化过程中蛋壳中的钙质被胚胎吸收转换为骨头了了？
带着这 2 个疑问，我观察了鹅蛋、鹌鹑蛋甚至鸵鸟蛋的孵化过程，发现孵化的所有蛋类，无论是鸡蛋、鹅蛋还是鹌鹑蛋、鸵鸟蛋，通过与未孵化（或者是中途孵化失败）的同种鸟蛋进行对比，出壳时都存在着蛋壳变薄的现象。
鸵鸟蛋尤其明显，未孵化的蛋壳厚度通常能超过 2 毫米，且蛋壳细腻坚硬，但孵化出小鸵鸟后，蛋壳仅有 1.5 毫米厚，蛋壳质地也会显得“疏松”一些。
我由此大胆推测，蛋壳中富含钙和磷（通常为无机形式，如碳酸钙、磷酸钙），会在孵化过程中逐步被胚胎吸收一部分，作为鸟类胚胎骨骼发育的钙质。
通过资料可查：鸡蛋中钙含量尽管相对其他食物较为丰富，但钙含量总体仅约60mg/100g，且集中在蛋黄中，一枚 60g 的鸡蛋，蛋黄和蛋清中钙总量也仅 30mg 而已，这点钙量，对于出生时约 35g 的雏鸡来说，别说形成小鸡整体骨骼了，怕是形成小鸡一条腿都不够用。
鸡蛋孵化过程中与外界仅有温度和气体交换，化学元素不可能凭空而来，因此，胚胎中“钙”主要来自于蛋清和蛋黄的想法肯定是错误的。
而鸡蛋壳主要成分是碳酸钙，含量大约为 83~85%，磷酸钙约 3-5%，蛋白质15~17%，并含有锌、铜、锰、铁、硒等微量元素，蛋壳重量约为 5.2-5.4g，厚度为 0.3-0.4mm，每枚蛋壳的含钙量为 2-2.5 克，也就是 2000—2500mg 的钙质，这样的钙量对于孵化中的胚胎来说，绝对是一个巨大的“资源库”。
在孵化过程中，我也观察到，蛋壳膜上密密麻麻分着血管，这些血管可以逐步吸收蛋壳内的矿物质。
后来，通过孵化经验和查找文献，终于找到了比较确切的信息：鸡胚发育过程中，蛋白和蛋黄能提供 21.76%的钙，其余约 80%的钙质均来自于蛋壳，用于形成骨头等含钙器官。随着蛋壳中钙质被吸收，蛋壳自然也会变薄、变脆。
不仅鸡这样的鸟类如此，就连爬行动物中的乌龟，孵化过程中的钙质也大部分靠蛋壳来“补充”。
因此，占蛋总重约 12%的蛋壳，对于鸟蛋来说，除了具有一定强度来抵抗外界的冲击、压力，保持水分蒸发、气体交换、阻止细菌污染，保证胚胎的正常发育外，还具有为发育中的胚胎发育提供钙质的作用。
当然，蛋壳在孵化后期变薄，也具有积极的意义：
1.胚胎后期代谢程度更强，呼吸作用加剧，变“薄”的蛋壳更具透气性，可以满足胚胎氧气供应；
2.变薄的蛋壳更有利于雏鸟“破壳”。
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参考文献：
1.孵化期间鸡蛋内物质转移及利用的规律性研究，杨海明论文，扬州大学动物科学与技术学院。