有四种可能。

(1) 陨石仍然在陨石坑附近，只是多年的风化使其埋入土壤中。

许多陨石坑附近仍然能找到陨石碎片，比如著名的Barringer 撞击坑，在其附近找到的众多铁陨石碎片被命名为Canyon Diablo 陨石。

下面是一些"有陨石"的陨石坑名字，有需要可自行检索：
Agoudal crater
Barringer crater
Boxhole crater
Campo del Cielo crater
Carancas crater
(2007 年被目击陨石Carancas砸出，直径 13 米，深 4.5 米）
Dalgaranga crater
Haviland crater
Henbury crater
Kaalijärv crater
Kamil crater
Monturaqui crater
Morasko crater
Odessa crater
Santa Fe crater
Sikhote Alin crater
(1947 年被目击陨石 Sikhote Alin 砸出，直径 26 米，深 9 米）
Veevers crater
Wabar crater
Whitecourt crater
Wolfe Creek crater

PS：这里面很多陨石坑至今仍然能挖到陨石，Kamil 陨石坑已经被陨石贩子用挖掘机摧毁。
下图为 Facebook 上的陨石猎人从 Kaalijärv 陨石坑附近挖出来的铁陨石。

上述陨石坑都是在世界陨石数据库(Meteoritical Bulletin Database)拥有官方命名的。

实际上也有一些未被收录的陨石坑，例如 1990 年 5 月 17 日坠落于苏联Стерлитамак (Sterlitamak) 附近的一颗大型铁陨石。

Sterlitamak 陨石坑，深约 4.5 米，直径约 10 米。

Sterlitamak 铁陨石的主体，重 315 kg，现保存于俄罗斯乌法考古与民族学博物馆。

Sterlitamak 铁陨石的主体钻入地下 12 米，当年调来挖掘机才将其挖出。挖掘工作使得坑体扩大为直径 50 米、深 18 米的巨坑，并在不久之后被地下水填满。

顺带介绍一下 2007 年目击陨石Carancas砸出的大坑，直径 13 米，深 4.5 米。
Carancas 是一颗非常小的陨石，仅 1kg 左右，它坠地时引爆沼气形成了这个巨大的坑。附近约 200 名村民和警察因陨石坑中挥发的含砷地下水而中毒。
(Carancas impact event - Wikipedia)

(2) 陨石坑年代古老，陨石碎片已经在漫长的地质年代里风化殆尽。

这是一种很普遍的情况，绝大多数陨石都含有铁镍金属，在大气中很容易风化崩解。

新鲜的目击普通球粒陨石，于 2009 年坠落在德克萨斯州，国际命名 Ash Creek。注意其新鲜的黑色熔壳。

略微风化的普通球粒陨石，注意其黑色熔壳上的锈迹。

高度风化的普通球粒陨石。

(3) 陨石尺寸巨大，撞击熔融了地球岩层，陨石残骸仍存在于陨石坑底部的撞击熔融层里。

这种情况较为少见，目前只发现了一例这样的陨石坑: 直径约 215 km 的南非 Morokweng 陨石坑。

1997 年，南非金山大学的研究团队在对 Morokweng 陨石坑的钻探中，发现了坑底厚达 870 米的撞击熔融层，撞击熔融层是被巨型陨石撞击热量所熔化的岩层。

在钻探岩芯里，研究人员非常意外地发现了当年这颗巨型陨石的残骸。因为此前对大型撞击构造的钻探从未发现过此类残骸，人们一度认为这些小行星在撞击的时候就已经完全气化了。

钻探岩芯里发现的陨石碎片，较为深色的区域是陨石残骸。

(4) 陨石尺寸巨大，在撞击之时就已经完全气化或熔融。

这种情况对于大型陨石是常见的。一般来说大型陨石撞击地球的情况是：部分气化 + 部分熔融 + 熔融物溅射，陨石基本完全熔融和气化。

大型陨石撞击地球的模型：
注意图中红色字体表示冲击等级S0-SV，位于SV (撞击中心)区域的物质会被完全气化，位于SIV(次中心)区域的物质则是完全熔化，冲击等级低于SIII的区域则不熔化。
黑色数字表示对应区域的等压线压力值，单位为 GPa(吉帕)。

还有最后一种情形——有老 6 把陨石捡走了，导致坑里没陨石。

2017 年 3 月 13 日，日本青森县附近出现火流星，且不久之后在麦田里找到了一个小型撞击坑，但坑里没有陨石。陨石可能是被路人挖走。