因为“现象”和“本质”是两个议题。尽管我们现在有时会把地心说称为“亚里士多德——托勒密体系”，但是亚里士多德的地心说和托勒密的地心说其实存在着深刻的差异。

亚里士多德更关心本质问题。用我们现在的标准看，亚里士多德的地心说理论更像一种提供理论解释的物理学模型。按照亚里士多德的理论，土元素会向宇宙的中心做自然运动，因此在宇宙中心形成一个球体，这个球体是地球。亚里士多德甚至还考虑过一个思想实验，想象把地球移动到别处，地球也会因为自然运动回归到宇宙的中心。地心说理论再往上追溯，还可以找到柏拉图的《蒂迈欧篇》，但是柏拉图的地心说理论更像是一种宗教和玄学的理论，而亚里士多德的理论则更接近我们熟悉的物理学思考方法。比如我上面介绍的，亚里士多德的地心说理论和物体运动理论是存在内在联系的。亚里士多德的影响力在于他提供了一套完整的世界图景和理论解释，地心说只是其中的一个部分；反过来说，也只有推翻这一整个世界图景才可以推翻日心说。也因此日心说和地心说的差异绝不是调整参考系的差异，因为调整参考系本身就是一个纯数学但完全不具有物理含义的思路。亚里士多德其实意识到各个行星的运动周期并不是匀速的，并且采纳了欧多克斯的同心球理论（简单来说就是一个行星的运动是由多个天球决定的，因此行星的轨迹不是单纯的圆周运动，而是多个圆周运动的组合），但是亚里士多德并没有仔细雕琢理论细节，也没有特别纠结于他的理论体系能否符合天文观测结果。

而托勒密则更加关心天文观测结果，也就是“现象”。托勒密的地心说理论是一种符合天文观测记录的数学模型，至于这个数学模型背后的物理学依据则不是很重要。于是托勒密发展出了偏心圆运动、本轮运动、偏心均速点等一系列非常复杂的数学技巧。这些数学技巧都是为了匹配观测数据（当时代的人称之为“拯救现象”）而发展出来的，并不负责解释物理学本质。托勒密其实在《至大论》中明确讨论过日心说的理论可能性，但是托勒密提出了一个非常经典的反驳意见：如果地球绕日运动那么地球表面的物体就“应该朝着地球自转相反的方向行进”，如果地球向东高速旋转，那么地球表面的物体就会看起来向西运动。这个反驳意见同样是立足于亚里士多德的物理学理论，由此也揭示了如果我们不能同时发展出令人信服的“惯性”理论，就不足以提出日心说理论。

从上面的论述可以看出，亚里士多德的模型和托勒密的模型从一开始就存在明显的裂痕。前者有一套完整理论，但是难以符合观测数据；后者符合观测数据，但是找不到背后的物理学依据。这个裂痕从一开始就为人所知，但是没人可以找到弥合裂痕的方法。和很多人的想象不同，“具备令人信服的物理学解释的数学模型”这个任务其实一直到牛顿的年代都没有完成。牛顿本人就把引力视为一种数学工具，同时明确拒绝解释引力的物理学原理。

所以回到题主的问题，在搞不明白（甚至搞错）物理学本质的情况下，观测自然现象并且制定纯粹用于解释现象的数学模型，是科学史上最普遍的情况。