《西游记》倾向于以行为而不是族类来定义“妖”这一概念。
人们长期以来有一种印象，那就是动物、植物或者其他非人类的物种得道后修成人形则为妖怪，而人类得道则会成为神仙。《西游记》里明显不是以原形来定义妖怪，典型的例子就是沙和尚。沙和尚的原形是人，书里有明确说明——
沙和尚合掌道：“老沙原系凡夫，因怕轮回访道，云游海角，浪荡天涯。常得衣钵随身，每炼心神在舍。因此虔诚，得逢仙侣。养就孩儿，配缘姹女。工满三千，合和四相。超天界，拜玄穹，官授卷帘大将，侍御凤辇龙车，封号将军。也为蟠桃会上，失手打破玻璃盏，贬在流沙河，改头换面，造孽伤生。幸喜菩萨远游东土，劝我皈依，等候唐朝佛子，往西天求经果正。从立自新，复修大觉，指河为姓。法讳悟净，称名沙僧。”
但沙和尚沦落到流沙河吃人度日的时候，书中则称沙和尚为“妖精”、“怪物”。
那怪物手执一根宝杖，走上岸就捉菩萨．却被惠岸掣浑铁棒挡住，喝声：“休走！”那怪物就持定杖来迎。两个在流沙河边。这一场恶杀，真个惊人… 师徒们正看碑文，只听得那浪涌如山，波翻若岭，河当中滑辣的钻出一个妖精，十分凶丑：一头红焰发蓬松，两只圆睛亮似灯。不黑不青蓝靛脸，如雷如鼓老龙声。身披一领鹅黄氅，腰束双攒露白藤。项下骷髅悬九个，手持宝杖甚峥嵘。那怪一个旋风，奔上岸来，径抢唐僧，慌得行者把师父抱住，急登高岸，回身走脱。那八戒放下担子，掣出铁钯，望妖精便筑，那怪使宝杖架住。
《西游记》中“妖”这个概念，跟是不是由动物修炼成精无关。天庭就有不少神仙，如二十八星宿，其原形本为兽类。
那么妖和仙该如何区别？网络上近年来流传着一种说法，有编制的是仙没编制的是妖。西游记中的妖怪大多数也确实没编制，而大多数神仙是有编制的，于是“妖怪和神仙的区别是有无编制”这一印象开始影响很多人。
所谓有编制的是仙无编制的是妖这一说法最早是吴闲云提出来的，他在《煮酒探西游》中有这么一段话：
因此，我们可以得到十分明确的“妖”、“仙”认定标准：就是“编制”，没有别的。
所以，“妖”与“仙”之间，仅仅只存在“身份”上的区别。除了身份不同之外，其他的都是一样的。
然而这种说法有着诸多明显的硬伤。一个例子就是，二十八星宿之一的奎木狼偷偷下界吃人作恶的时候，天庭从来没撤销过他的编制，而书里则以“妖魔”称呼之：
那妖魔他的灵性着实是强大，撑开着一双金睛鬼眼，叫声：“小的们，你看门外是甚么人！”
此时两个狠和尚，一个泼妖魔，在云端里，这一场好杀
另一个更加明显的例子就是孙悟空：
孙悟空被封为弼马温时就受了天录：
众天丁知他受了仙录，乃是个弼马温，不敢阻当，让他打出天门去了。
后来被封为齐天大圣，得到了更高级别的仙籍：
正是：仙名永注长生录，不堕轮回万古传。毕竟不知向后如何，且听下回分解。
“仙名永注长生录”这句话出自第四回《官封弼马心何足 名注齐天意未宁》结尾。然而第五回开头就来了一句：
话表齐天大圣到底是个妖猴，更不知官衔品从，也不较俸禄高低，但只注名便了。
前一句还说“仙名永注长生录”，紧接着就来了句“齐天大圣到底是个妖猴”，所以说，是不是妖跟有没有仙籍没必然的关系。
准确来讲，孙悟空在被授予天录之前他就已经是仙：
一言未已，班中闪出千里眼、顺风耳道：“这猴乃三百年前天产石猴。当时不以为然，不知这几年在何方【修炼成仙】，降龙伏虎，强销死籍也。”
言未已，班中闪出太白长庚星，俯首启奏道：“上圣三界中，凡有九窍者，皆可修仙。奈此猴乃天地育成之体，日月孕就之身，他也顶天履地，服露餐霞；【今既修成仙道】，有降龙伏虎之能，与人何以异哉？臣启陛下，可念生化之慈恩，降一道招安圣旨，把他宣来上届，授他一个大小官职，【与他籍名在箓】，拘束此间，若受天命，后再升赏；若违天命，就此擒拿。一则不动众劳师，二则收仙有道也。”
在孙悟空未上天之时，千里眼顺风耳称孙悟空【修炼成仙】，太白金星也说孙悟空已经【修成仙道】，并建议【宣来上届，授他一个大小官职，与他籍名在箓】。也就是说，仙是修炼而成的，不是给了你仙籍你才能是仙。
孙悟空和唐僧在讨论黑熊成精的时候有这么一段对话：
行者道：“这伙和尚没甚妖气，他一个个头圆顶天，足方履地，但比老孙肥胖长大些儿，非妖精也。你看那帖儿上写着侍生熊罴，此物必定是个黑熊成精。”三藏道：“我闻得古人云，熊与猩猩相类，都是兽类，他却怎么成精？”行者笑道：“老孙是兽类，见做了齐天大圣，与他何异？大抵世间之物，凡有九窍者，皆可以修行成仙。”
唐僧问黑熊是兽类怎么会成为妖精，孙悟空回答“凡有九窍者，皆可以修行成仙”。可见，妖精本身就是仙。仙指的是修炼得道，拥有一定程度长生不老的能力，同时拥有法力的一类超凡体，西游记中的妖是符合仙这一特征的。
既然“妖”和“仙”并不是互斥的概念，那么“妖”到底指的是一类什么样的存在？
孙悟空大闹天宫时连旁白都称其为妖猴：
妖猴大胆反天宫，却被如来伏手降。渴饮溶铜捱岁月，饥餐铁弹度时光。 天灾苦困遭磨折，人事凄凉喜命长。若得英雄重展挣，他年奉佛上西方。
从作者旁白赞诗来看，孙悟空大闹天宫是逞强弄能、恶贯满盈，而知错能改保唐僧取经则是善根不绝：
伏逞豪强大事兴，降龙伏虎弄乖能。偷桃偷酒游天府，受录承恩在玉京。 恶贯满盈身受困，善根不绝气还升。果然脱得如来手，且待唐朝出圣僧。
自从被观音点化愿意皈依后，书中再没称呼过孙悟空为妖猴。
观音菩萨又提到过，菩萨妖精只在一念之间。
行者看道：“妙啊！妙啊！还是妖精菩萨，还是菩萨妖精？”菩萨笑道：“悟空，菩萨妖精，总是一念。若论本来，皆属无有。”
同时如来又叮嘱过观音，遇到神通广大的妖魔，须劝他【学好】：
假若路上撞见神通广大的妖魔。你须是劝他学好，跟那取经人做个徒弟。他若不伏使唤，可将此箍儿与他带在头上，自然见肉生根。
也就是说，妖最大的特点就是有邪念或者有恶行。
妖虽然是仙的真子集，但单独提及“仙”的时候，往往不把妖包含在内。
妖意味着是坏的，邪恶的。妖本身就是个贬义词，哪怕是妖怪本人，听到别人称呼他们为妖，一样会感到冒犯：
呆子走近前叫声妖怪，那怪闻言大怒，两人互相说道：“这和尚惫懒！我们又不与他相识，平时又没有调得嘴惯，他怎么叫我们做妖怪！”那怪恼了，轮起抬水的杠子，劈头就打。这呆子手无兵器，遮架不得，被他捞了几下，侮着头跑上山来道：“哥啊，回去罢！妖怪凶！”行者道：“怎么凶？”八戒道：“山凹里两个女妖精在井上打水，我只叫了他一声，就被他打了我三四杠子！”行者道：“你叫他做甚么的？”八戒道：“我叫他做妖怪。”行者笑道：“打得还少。”八戒道：“谢你照顾！头都打肿了，还说少哩！”行者道：“‘温柔天下去得，刚强寸步难移’。他们是此地之怪，我们是远来之僧，你一身都是手，也要略温存。你就去叫他做妖怪，他不打你，打我？人将礼乐为先。”
这就相当于你称呼一个坏蛋为坏蛋，哪怕他真是个坏蛋，被人这么称呼一样会发怒。
泉州傀儡戏《三藏取经》中，二郎神因调戏传言玉女，被玉帝断了香火。南海佛祖（即观音）让他来镇守灌口山，成了一尊菩萨。二郎神心情不爽时就抓个人来吃。于是二郎神就成了妖怪：
[齐天亥，白]前面一片黑云，妖怪来是实。师父且退，待我进前视过。
[三藏亥，下]
[二郎上，亥]
[齐天拦住亥，白]我不知是谁，都是开镜匣的朋友。[介]二郎神。
[二郎白]齐哥你立边，我摄一个和尚分你食。
在旧时，妖和邪是绑定在一起的。而当代一些仙侠、神怪题材的影视作品中经常塑造善良的妖怪，用来反衬人性的丑恶，这些作者解构了“妖”原本被的意思，把“妖”单单当成了物种。
综上，仙的关键词是“得道，超凡，长生”，妖的关键词是“邪恶”，妖本身也属于仙。两者是真包含的关系。哪怕是有编制的天仙，只要有恶行有邪念，书里毫不犹豫称之为妖。哪怕是人得道成仙，一旦作恶，一样会成为妖魔。所以孙悟空除妖并不是同族残杀同族的悲剧，而是攘除邪恶的正义之举。
西游记明面上写孙悟空保唐僧取经一路上斩妖除魔隐恶扬善，其实西游记还有暗线，那就是讲述的一种修行的历程。
“猿猴道体配人心，心即猿猴意思深”，孙悟空在书中被称作“心猿”“心君”“心主”“本心”，书中用孙悟空借喻修行者的心。例如章回标题“外道迷真性，元神助本心”，本章讲述银角变成了受伤的老道迷惑唐僧，从而有机会暗算孙悟空用三座大山压了孙悟空,而山神土地与五方揭谛神众又把山移走助孙悟空脱身，标题中外道、真性、元神、本心，分别代指银角、唐山、山神土地、孙悟空。章回标题“心主遭魔幸破光”，本章讲述孙悟空被蜈蚣精金光阵所困，脱身后来找来毗蓝婆菩萨破了金光阵，“心主”即孙悟空的代称。赞诗“推倒旁门宗正教，心君得意笑容还”，背景剧情是孙悟空把如意真仙推倒在地上，打了水欢喜离去，这里旁门指如意真仙，心君则是指孙悟空。
红孩儿篇章中的一首赞诗更是通过隐喻，把此时几人的状态表现的淋漓尽致：
道德高隆魔障高，禅机本静静生妖。心君正直行中道，木母痴顽躧外趫。意马不言怀爱欲，黄婆无语自忧焦。客邪得志空欢喜，毕竟还从正处消
其中心君、木母、意马、黄婆，分别指孙悟空、猪八戒、白马、沙和尚。而【心君正直行中道】，又跟孙悟空太乙金仙的忠正之性相呼应。
从以上寓意性质的诗句中不难发现，孙悟空即修行者的心。
而西游路上的妖怪，隐喻修行过程中遇到的障碍：
一念才生动百魔，修持最苦奈他何！但凭洗涤无尘垢，也用收拴有琢磨。扫退万缘归寂灭，荡除千怪莫蹉跎。管教跳出樊笼套，行满飞升上大罗
章回标题“盘丝洞七情迷本”，七个蜘蛛精寓意是七情，孙悟空打死了七个蜘蛛精意味着斩断七情。
章回标题“尸魔三戏弄唐三藏”，白骨精被称为尸魔，孙悟空三打白骨精寓意是斩三尸。
章回标题“心猿归正，六贼无踪”，在这一章中，孙悟空打死了六个拦路抢劫的毛贼——古人把眼、耳、鼻、舌、身、意六种意识称为“六贼”，孙悟空杀死六贼寓意是祛退六贼。
章回标题“色邪淫戏唐三藏 性正修持不坏身”，蝎子精自然代表色邪。
同样，“二心搅斗大乾坤，一体难修真寂灭”，孙悟空是心，六耳的寓意自然是二心。
不过需要注意的是，寓意和剧情又是相对独立的，代表七情的蜘蛛精、代表色邪的蝎子精、代表二心的六耳、代表三尸的白骨精等妖怪从剧情上来讲都是真实存在的妖魔。
也就是说西游记明线写的取经之路降妖释厄，暗线则是隐喻修行者内心战胜各种魔障最终功行圆满的故事。
师徒四人取得真经后，书中有诗这么形容道：
不二门中法奥玄，诸魔战退识人天。本来面目今方见，一体原因始得全
这些象征修行中遇到的各种魔障的妖怪，从设定上来讲即为奸邪之物，所以被代表心君的孙悟空攘除是必然的。