两个可能的原因。

第一个是穿过江河的城市本身是由江河一侧发展而成的。题主所列南京、长沙、衡阳都是这样的例子，下图是这三座城市清代城郭简图，图源来自 @吡啶 。

而两岸发展均衡的城市很多是由跨河两座城池发展而来的，例如武汉、延安、青州、镇远、大余。

第二个可能的原因是地形的限制。清代拥有跨河两座城池的城市，到了现代却发展不均衡，最可能是其中一座城池靠近山区，不适应城市大面积铺开。这样的例子比如襄阳、辽阳、凤凰。