毫无疑问，【吏部尚书】为六部尚书之首。
明朝的六部尚书，被尊以种种古称：吏部尚书（大冢宰、太宰），兵部尚书（大司马），户部尚书（大司徒），礼部尚书（大宗伯），刑部尚书（大司寇），工部尚书（大司空）……一样。而此后的清朝官场，也沿袭了这种古称指代。
而西周的周公旦为太宰，前燕的慕容恪为太宰，西魏的宇文泰为大冢宰，不止是百官之首的宰相，更是摄行皇权的摄政，足见其位尊职高。
在明朝初年废除丞相制后，吏部尚书甚至在长达百年时间里，成为所有文官之首。直到明朝中后期，权势地位才逐渐被【内阁首辅】超越。
明太祖朱元璋杀胡惟庸后，废中书省与丞相制，以天子直接统领六部，【吏部尚书】成为百官之首，又有别称“天官”，主持每三年一考核的【京察】制度。
由于吏部实在太过于位高权重，在明朝还形成了这样的默认惯例，吏部官员很少能直接升职，而要先调任其他部去迁转。
比如吏部尚书的人选，一般不由吏部侍郎（副部长）直接升任，而是由其他兵、户、礼、刑、工等五部尚书升迁调任。
吏部侍郎的人选，一般也不由吏部郎中（司长）直接升任，而是由其他兵、户、礼、刑、工等五部侍郎升迁调任。
所以，皇帝想要提拔一个吏部郎中，当吏部侍郎，或者想要提拔一个吏部侍郎，当吏部尚书，一般不直接升职，得先把他调到其他五部，去升职为侍郎 / 尚书，过渡一段时间后，再调回吏部。
——以此来尊崇吏部为六部之首的地位，类似情形一直十分普遍。
至于【内阁】，是明成祖朱棣正式设立，让殿阁大学士分担政务，解缙为第一任内阁首辅。一开始确实只是个秘书机构，阁员职衔只给了五品，远不如正二品的六部尚书。
明仁宗与明宣宗时期，信用内阁“三杨”（杨士奇 / 杨荣 / 杨溥），给他们加上了从一品的“三孤”（少师 / 少傅 / 少保）头衔，尊崇其地位，更给予他们起草诏令，批答奏章的“票拟”权力，这样一来，内阁辅臣的权力和地位，才得以逐渐与六部尚书抗衡，“阁部之争”也贯穿了整个明朝前期。
当然，特殊情况的特例，也是有的。
比如土木堡之变后，皇帝朱祁镇被俘虏，随行的文武勋贵多人战死，当时的吏部尚书王直，作为留守京师诸大臣中，名义上的百官之首，年龄已过七旬，自知才能与精力，都不如于谦这个临危受命的新任兵部尚书，因此主动退让，将决断中枢军国大事的权力，都拱手让给于谦。
《明史·王直传》：时变起仓卒，朝臣议屡上，皆直为首。而直自以不如于谦，每事推下之，雍容镇率而已。加太子太保。
于谦以指挥北京保卫战，大败瓦剌大军，力挽狂澜、救国于危难之功，封“少保”，论威望为百官之首，更得明代宗朱祁钰充分信任，在景泰年间，甚至举国军政大事，百官行止，都是于谦一言而决。
【前后征调，皆谦独运。当军马倥偬，变在俄顷，谦目视指屈，口具章奏，悉合机宜。僚吏受成，相顾骇服。号令明审，虽勋臣宿将小不中律，即请旨切责。片纸行万里外，靡不惕息。帝知谦深，所论奏无不从者。尝遣使往真定、河间采野菜，直沽造干鱼，谦一言即止。用一人，必密访谦。谦素病痰，疾作，景帝遣兴安、舒良更番往视。闻其服用过薄，诏令上方制赐，至醯菜毕备。（景帝）又亲幸万岁山，伐竹取沥以赐。】
此刻的兵部尚书于谦，当然毫无疑问就是大明朝的实际首相，被时人后世称为“救时宰相”，全因为他的社稷功高，威望盖世，而同时期的内阁首辅王文和吏部尚书王直，均不能与于谦相比。
吏部文选司郎中李贤，是从土木堡之变中侥幸存活，逃回京师的。他于景泰二年，上书《正本十策》，得到朱祁钰的赞赏。正好时逢吏部侍郎出缺，李贤自以为才高，意欲谋取此职。
但于谦与朱祁钰商议后，还是依照明朝惯例，调任兵部侍郎项文曜为吏部侍郎，将李贤升任兵部侍郎，不久转调户部侍郎。过了一年后，再将李贤调回吏部，为吏部侍郎。
这本是很正常的一次人事升迁。于谦对李贤也没有任何偏见。李贤在此期间，一份「反对与瓦剌互市，揭露边防守备松弛」的奏章，还被于谦大为赞赏，将之传阅下发给九边要塞，以激励诸将，助其扬名。
但心胸狭隘的李贤，却认为项文曜与于谦在兵部共事多年，实为私党，这是于谦有意攫取吏部的选官权力，打压了自己一年时间，暗自嫉恨二人不止。
李贤在后来的个人回忆《天顺日录》里，「屡言文曜党谦」，甚至乱泼脏水，污蔑于项两人有同性暧昧关系，说项文曜是“于谦妾”。
李贤《天顺日录》：【当时以项文曜为于谦妾，士林非笑之。每朝待漏时，文曜必附谦耳言，不顾左右相视，及退朝亦然，行坐不离，既在吏部亦如是。】
等到朱祁钰病重不起，明英宗朱祁镇与大将石亨、太监曹吉祥、大臣徐有贞等人，合谋发动夺门之变后，
李贤第一时间投效，与徐有贞、曹吉祥等人甚为亲厚，为他们出谋划策甚多，得到了成为内阁辅臣，并加吏部尚书衔，从此位极人臣的丰厚回报，并极可能是一起谋害于谦的凶手之一。
当时著名大臣，“刚直有节、以忠谏名天下”的御史杨瑄做《复辟录》，根据李贤自己撰写的《天顺日录》，便如此认为。
【（曹吉祥）凡事与二学士商议而行。时徐有贞、李贤已为吉祥所引，入阁办事，故除于谦等皆用徐有贞策，而（李）贤阴助之。】
【贤自言助有贞展尽底蕴，又言有贞素行持公者少，予乃持公助之，遂改前辙。观此，则有贞害谦之事谓贤不与谋，可乎？】
【初，亨每来阁议事，则欲以己意令内阁行之，有贞等得无厌乎？又亨欲荐吴与弼，贤乃代草附亨奏之，则吉祥、亨初与有贞、贤相亲厚可见矣。】——明·杨瑄《复辟录》
于谦遇害后，李贤更趁机唆使亲信，弹劾项文曜为“于谦奸党”的一员，以此报却个人私仇。项文曜上疏求饶称「谦逆谋，臣实不知，乞宥臣罪」，果断和于谦划清界限，朱祁镇便饶他一命，判为流放。
项文曜骨头不硬，贪生卖友，原不足道，而时至今日，还有不少猎奇者将李贤对于谦的一面之辞的污蔑信以为真，给这位伟大民族英雄的身后名带来损伤，就尤为可恶了。
在朱祁镇很快对石亨、徐有贞、曹吉祥等“夺门党”的擅权不满后，李贤又积极帮助朱祁镇，相继除掉石、徐、曹一党，同时劝止了朱祁镇废黜太子朱见深的图谋，作为天顺年间与成化初年的内阁首辅，得以荣宠始终。
但这和科普读物《明朝那些事》里，大臣李贤苦心孤诣、忍辱负重，除掉“夺门之党”，替于谦报仇雪恨的动人故事，风马牛不相及，只是作者出于其个人喜好，而对历史人物的粉饰和贴金。
到了明孝宗弘治年间，对内阁辅臣和六部尚书采用“平衡并重”策略，马文升 / 王恕 / 刘大夏等部臣，与丘濬 / 李东阳 / 刘健 / 谢迁等阁臣，皆受其信用。
然而，吏部尚书王恕和内阁首辅丘濬，关系极差，从不说话，平时遇到也分庭抗礼，互不相让，终于在弘治六年爆发一场严重的“阁部之争”。
明孝宗选择支持丘濬，将王恕罢官，给事中毛珵、御史宋德、周津等人归罪于丘濬，弹劾其“不可居相位”，明孝宗不加理睬，次年更加封丘濬为从一品“少保”。
最迟从此刻起，“内阁首辅=宰相”的认知，已成为朝野百官的共识。吏部尚书的地位也就进一步下滑，再不复为百官之首了。
明武宗正德初年，【司礼监掌印太监】刘谨专权，让吏部尚书焦芳入内阁为【内阁次辅】。焦芳认为「内阁处密勿之地，虽与闻机务，而不得专进退百官之权，兼掌部印，实芳所欲也」，希望继续兼任吏部尚书，内阁首辅李东阳坚决反对，迫使焦芳让步，主动请辞部务。
换言之，到正德年间，曾经的外朝百官之首吏部尚书，别说和内阁首辅比，连内阁次辅都不如了，在必须二选一时，只能忍痛舍弃。
但焦芳的犹豫，也足以证明，吏部尚书的“专进退百官之权”，依旧是内阁辅臣极为渴望，但可遇而不可求的重要权柄。
到了明穆宗隆庆三年，作为东宫帝师，深得皇帝信任的高拱，以“大学士掌吏部事”，身兼内阁辅臣与吏部尚书，直接架空了内阁首辅李春芳，成为实际首相，两年后正位为内阁首辅兼吏部尚书，彻底大权独揽。
在此期间，他大刀阔斧地改革制度，沙汰冗员，内阁次辅张居正称之为「身为相国，兼总铨务，二年于兹，其所察举汰黜，不啻数百千人矣」
只是当隆庆帝去世，年仅 10 岁的万历帝登基，作为首席托孤大臣的高拱，还想更进一步，彻底废除内廷司礼监的批红之权，成为明朝史上前所未有的权臣后，
才会被同样怀有政治野心、想当权臣的张居正倒戈一击，勾结了皇帝生母李太后，司礼监太监冯保，抓住高拱一句「十岁太子，如何治天下」的失言，造谣说高拱要「废黜幼帝，迎立外藩，谋取世袭罔替的国公爵位」，联手将高拱罢黜。
太后罢高拱诏：【今有大学士高拱专权擅政，把朝廷威福都强夺自专，通不许皇帝主专。不知他要何为？我母子三人惊惧不宁。高拱著回籍闲住，不许停留！】
将高拱赶回老家乡间，张居正在李太后支持下，秉国十年，狂言：【我非相（宰相），乃摄（摄政）也】，毫不客气地挂上：【日月并明，九州朝大明天子 // 丘山为岳，八方拜太岳相公】的对联。
而与此同时，高拱也写了《病榻遗言》四卷，记述张居正勾结冯保夺权的全过程，破口大骂张居正阴险刻毒，「又做师婆又做鬼，吹笛捏眼打鼓弄琵琶」，于万历六年含恨而死。
等万历十年，张居正一死，《病榻遗言》便在北京公开刊行，广为传播，给万历帝清算张居正，提供最好的舆论武器……