我认为最根本的原因是吴周集团在政治上的缺陷（注意，是政治上的缺陷，而非军事甚至物质上的缺陷），使得它需要选择与清廷速决（或者至少也要攻下南京划江而治）的坚决策略才能成功。但吴三桂本人一贯“见小利而忘义，干大事而惜身”的本性和吴周集团政治上的缺陷导致反清阵营内部极端脆弱，使得吴军在占尽优势的前几年既没有占据地缘上的优势也没有在阵营内部做有效统合。最终被缓过劲来的清廷靠着政治上的优势地位，以及巨大的物资优势，分化瓦解吴军的盟友和部署，最终依次在政治、物资、军事上将吴周逼入绝境。
其一，在讨论吴周面临的政治危机前，不妨先思考一个问题，吴周核心领导层起兵为了什么，匡扶明室？驱逐鞑虏？也许刘玄初等少数人怀抱着这种理想，但对吴三桂而言“我长伯起兵只为几个亲戚（）”。对大多数吴周高层而言，只是为了保住手中荣华才力劝吴三桂起兵，夏国相、胡国柱等人归根结底不过怕手中依附吴三桂而来的权势因削藩而消散罢了。换言之，吴周高层的大多数人，不过是为了保住家产妻小而起兵，又怎么可能有不惜一切也要博取天下的决绝！
其二，三藩之变参与的大部分人，是什么人，简而言之，一群屑（即答）。说得更具体一点，参与三藩之变的吴三桂、耿精忠、孙延龄、祖泽清、尚之信等人，是明末跟随八旗入关镇压汉人起义的汉奸武装集团的大头目或部将。这批人起兵反清本身就颇为滑稽，而由于政治上的“原罪”，无论是像前期的吴三桂一样打着复明旗号，还是像耿精忠一般希望自立为帝，都会带来很多问题。吴三桂无法下定决心扶持一个明室傀儡上台，因为正如夏国相所说，立了还要再杀，到时又是麻烦；而耿精忠自建年号希望自立，却实在没有任何号召力可言，不少部将后面都跑到正牌的大明诏讨大将军政经那里去。
这些以反清为唯一共同利益诉求捏合在一起的集团内部脆弱不堪（尚家甚至连反清都不是，而是纯粹为了自保），由于政治上的复杂性，没有哪一方势力，甚至哪一个政治旗号能得到绝大多人的公认。其结果就是，三藩之变极盛之时，吴周及其盟军看似声势浩大，但实力最强的吴、耿、郑三家同床异梦，基本谈不上有效配合，尚家首鼠两端，找机会就想跳反，而更小一些的次级军阀，如刘进忠、祖泽清、马雄、孙延龄等人则乐的表面投效几个大势力，实则割据一方做土皇帝，而对面的岱清好歹是个令行禁止的整体。
“周王你带着这么一群屑，怎么搞得好反清事业（震怒）”
其三，就是吴长伯的个人性格，典型的“见小利而忘义，干大事而惜身”，叛顺迎清，上三患二难疏杀永历之类的烂事就不提了，起兵之初居然还在幻想能通过谈判要回世子。虽然吴应熊在历史上以亲清派的面目出现，但他让人将嫡孙偷偷带回，其实是当时唯一明智的举措。清廷又不是傻子，耳目众多的情况下，吴应熊根本不可能脱身，也不可能说些多余的话。这种情况下，能将嫡孙送回云南，已经是意外之喜了，吴三桂也应该明白儿子“勿要以我为念”的言外之意。可吴长伯不知足，居然还在发梦能通过谈判要回吴应熊，以当时清廷的处境，怎么可能放一个正值壮年的继承人回去补齐吴周集团的短板，最后不过为天下笑又浪费了儿子的一番苦心。
考虑上述三点后，再来看吴周政权在 1673-1678 年的决策，那么大致的败亡原因也就呼之欲出了。
在 1673-1676 年初吴军占据主动权的第一阶段，但也是吴军犯错最多的时候。先是因为吴三桂个人利令智昏，吴军顿兵荆州不前，给了清军勒尔锦军团在荆州重建的原因。其次，即使不渡江北进，那次好的选择也应顺江东下，而吴军当时已经占据岳阳，南线攻入赣州，完全具备实施东进的条件，唯一的问题在于吴军全力东下后也许留在云贵的家小有危险，而吴军主力选择既不东进也不北上，而是开始经略湖南，同时力图打通襄樊到汉中的通道，这个战略表面复制隆中对，但汉末和清初的人口和经济情况完全不一样，当时的四川和湖南均尚未从战乱中完全恢复，不夺取江南和河南，清廷就始终具备物质上的优势，而将重兵投入狭窄且山水环绕的夔东一带更是不知所谓，这个战略唯一的优势就是——老家云贵确实很安全。
再次，就算采取深根固本的战略，也未必完全不可，但由于吴藩核心集团与周边各军阀如孙延龄、马雄、祖泽清、尚可喜等人旁根错节的亲缘和利益关系，吴三桂下不了如国主般彻底将之改造和统合的决心，拒绝马宝武力收取广南的建议，而是只要其在政治上对吴周表示服从即可，甚至连起兵初期完全忠于清廷的尚家，吴三桂在和郑经联手将其击败后，也只满足于派驻特使对尚家进行监视，而不敢剥夺尚家的独立性。其结果就是吴军全盛之时，恍然占据大半个南中国，但泰半领土被这些大大小小的“盟友”割据着，而这些盟友两两间甚至彼此是仇敌，如郑经 - 耿精忠， 尚之信 - 祖泽远，马雄 - 孙延龄，谈个屁的资源整合。最后，道义固然不能当饭吃，但如果一个集团或联盟完全没有政治理想，纯粹靠现实利益聚合在一起，那么稍有风吹草动，必然土崩瓦解，吴军的那群盟友胜利时无非摇旗呐喊，失败了则必然争相出卖吴军以求自保，甚至吴军内部除了那些最核心的家族亲贵，清廷开价够高那么跳反也不是不可能。而吴军在占据优势的这几年，既不愿以坚决的出击战略展示自己的力量震慑盟友，又不敢真下狠手将盟友真正改造为自己的力量，统合资源与清廷打持久战，那么之后必然以血的代价为此买单。
1676 年底 -1677 年初吴军的政治同盟全面瓦解的阶段，正是吴周为自己前一阶段错误买单的时候。吴军不在 1676 年以雷霆之势将湖南的岳乐部消灭，那么自然迎来了比岳乐一个军团更强的清军岳乐与穆占两个军团的汇合；吴军的领导层既然主要是为了荣华富贵，那么除了你吴三桂的亲戚外，我投靠大清不也是发财？于是，吴军战力极为强悍的江西军团在失去夏国相监军，韩大任篡权后，在马宝等援军离赣州城数里之近时拒绝援救，韩大任将整个吴军的江西军团作为进身之礼卖给了清廷；吴军只派董重元对尚之信实施监视，而不剥夺尚家对广州的实际控制权，那尚家自然在江西和福建局势明朗后，毫不费力地擒获吴军的特使后卖给清廷；吴军既然不对孙延龄、马雄、祖泽清等人进行整合，那他们一看风色不对，自然如多米诺骨牌一样争相对清廷献媚，吴军的侧翼陷于土崩瓦解之势。
不过怪诞的是，在 1677 年以后吴军在政治上几乎失去了所有盟友，吴周政权不得不全力独自为生存而战的时候，反而爆发出了巨大的力量。吴三桂不再相信孙延龄的忠诚，派吴世琮武力收取广西后，广西局势稳定了；吴军与清廷在岳阳、长沙、韶州、衡阳一带反复爆发大战，固然并非每次都能取得有利的战果，然而即使未能实现原定目标的战役，比如马宝、胡国柱进攻韶州力图收复广东之战，吴军强悍的战力还是极大震动了周边势力，尚之信自此不敢派兵去广西与吴军直接对抗，祖泽清更是再度起兵反清。而吴军下决心和清军打对攻的高潮就是永兴之战，吴军千载难逢地遇到了能吃掉清军一整个兵团的机会，而周边清军都被打得闻风丧胆不敢支援，然而此时...吴三桂去世了。诚然，由于第一阶段的失误，吴清之间的物资差距已经极大，因此在清军及其盟友绝对的兵力和物资面前，吴军总体而言打得极为艰难，但观察吴军第三阶段的成果，有理由认为采取坚决而果断的主动进攻战略是唯一正确的选择。
那么是否吴三桂不死，吴军就一定有转机呢？也并非如此，因为吴三桂自己，先逐步丧失了斗志，最后时刻的吴三桂已经进入沉迷于研究乌龟爬来推测吴周疆土有多大的神必阶段。最重要的是，在如此关键时刻，他没有给吴周众人留下一个坚决的策略去执行，最终导致吴周在最需要拼死一搏之时，只有吴国贵等少数人有破釜沉舟的勇气。而大多数人还抱着退守云贵，保护家小的幻想。而一个在政治上连和岱青角逐天下的勇气都没有，一个放弃了自己经营多年拥有大量物资的湖南基地，只想守住云贵一亩三分地的小政权，谁会去保护这样的政权呢？结果就是吴军从湖南前线的撤退，变成了自溃，大量的士卒溃散，绝大部分物资被放弃，勉强撤回贵州的吴军士气、装备和兵力与自己全盛时相比都十不存一，这之后也只能是必亡的结局。