很多人反映看不懂，我把结论放在最前面：
- 考古学推断三星堆遗址建造者属三星堆一期（宝墩）文化，他们源自岷江上游的营盘山文化。
- 考古学推断营盘山文化主要来自黄河上游庙底沟>马家窑文化。这些临夏，甘南粟作农民在公元前 3300 年多批次穿越松潘草原进入岷山河谷，随后迁入成都平原定居。
- 古 DNA 研究分析了 与三星堆一、二期同时段的高山古城遗址材料（距三星堆 80km，属同类或亲密兄弟文化遗存），遗址中 5 具古人遗骸数据证实了上述考古学推断。
- 这些遗骸基因组组分90%以上与黄河上游的马家窑系农民同源，另有不到 10%来自迁徙中融入的狩猎采集土著。这些土著大体可归类入 BEA[1]，遗传上与今天的安达曼 - 尼格利陀人接近。该类人群当时也活动在青藏边缘 - 四川盆地一带。
- 这些“三星堆祖源人群”大概率说某种西部汉藏语，可能是今天西南藏缅语族群生物学和语言层面的重要源头之一。
原回答：
这个问题来得挺是时候，高山古城遗址的古 DNA 研究刚预印就上桌了[2]2333
先梳理一下考古序列：三星堆一期遗存（4500-4000bp）与宝墩文化（4700-4000bp）年代基本重合，文化面貌高度一致，一般均认可为同一文化范畴。「宝墩文化=三星堆一期文化」是典型三星堆文化 aka「三星堆二三期文化」的直接源头，且传统上认为三星堆一期可能来自南侧宝墩人群的扩散迁入（因为后者年代上限稍晚个一两百年）：
不过随着 2009 年什邡桂圆桥遗址的发现和辨识，研究者们另外确认了沱江流域的三星堆一期文化直接过渡自本流域的桂圆桥二期遗存（4600-4300bp），进而对接桂圆桥一期文化（5100-4600bp），主要依据有山字形花边口沿罐等标志性器物的继承延续关系等[3]。所以一类修正模型倾向于将宝墩早段分离出来，并入「三星堆一期文化」，接续在桂圆桥一期文化下游，作为岷江 / 沱江流域后续文化的“共同祖源”。
另外需要说明的是，三星堆二期文化中一些新要素，比如三星堆 B 组器物类型[4]（含敛口瓮，高柄豆等），可能源自宝墩文化三、四期时两流域之间的 鱼凫遗址 / 郫县遗址，进而来自四川盆地外部。有学者将这类新组合所代表的文化类型命名为「鱼凫村文化」或「三星堆新二期」[5]，视为三星堆一期与（原）二期文化之间的关键过渡环节。
这里我们暂不讨论这些细节分歧究竟孰是孰非，总之考古上支持三星堆的大致来源脉络是：
- 庙底沟>马家窑文化（5800[6]/5300[7]-4100bp。陇西河湟粟作人群）→ 进入岷江上游河谷；
- 营盘山文化（5300-4600bp。岷江上游）→ 进入成都平原台地；
- 桂圆桥一期文化（5100-4600bp。成都平原边缘）→ 长江中游稻作因素输入，进入低地平原；
- 三星堆一期文化 / 宝墩文化（4700-4000bp）→ 陶器组合新要素出现（输入）；
- * 三星堆新二期 / 鱼凫文化（4100-3900bp）过渡期。
- 三星堆二期文化（4000-3600bp）期间多种外部因素交流输入，青铜成品贸易输入。
- 三星堆三期文化（3600-3200bp）期间本地青铜器生产兴起。（三期以下略去不表[8]）
该序列所沿路线也正是大名鼎鼎的藏彝(缅)走廊干道之第一分段。新石器时代以来汉藏语人群经由这条走廊动脉不断向西南方向扩散混合，在公元前 2000 纪就已经远达缅甸、尼泊尔等地区[9]。我们可以比较有把握地说，三星堆人群正是最早南下的汉藏语人群一员，他们大概率操用某种分化程度尚低的“西部汉藏语”[10]（原始藏缅语?）。
最后让我们回到开篇研究，该成果从遗传层面直接佐证了上述考古序列的有效性。文中采集了属于宝墩文化的高山古城遗址中，五具古人类遗骸的 DNA 样本。其中两具距今 4500-4200 年，属宝墩 - 三星堆一期文化范畴；三具距今 3800 年左右，年代上落入三星堆二期文化时期（并非来自三星堆遗址，但依然能反映区域性人口遗传结构信息）。
经分析，这些古人类样本是由黄河流域新石器农民（庙底沟、马家窑文化人群）与类和平文化人群的青藏(?)- 西南狩猎采集人群融合而成，其中黄河流域人群组分占据绝对主体（90%以上）。
在已发表的其他古代人类样本来源中，高山古城古人主成分分析结果恰好落在黄河流域新石器 - 青铜古人 和 喜马拉雅古人 弥散轴带中央，且分别与黄河上游的青海喇家 / 宗日遗址样本（均为马家窑文化下游系统），西藏 - 尼泊尔部分样本 具有最接近的遗传主成分类型。这一信息再次坐实了三星堆一期 - 宝墩文化人群与黄河上游马家窑系文化之间的亲密关系。至于现代人群中，与之遗传相似性最高的自然是各藏缅族群（及部分蒙古化西南族群），不过这里掺有更多后续漂变混合影响，参考价值有限。
最后，该项目研究人员还上传了相关样本 Y 染色体 / 线粒体单倍群的数据和分型信息，由于尚未正式发表我这里就不做过多解读了。有兴趣的读者可以自行搜索分析下相关信息。
