现在真核生物最主要的能量代谢过程是消耗葡萄糖生产 ATP。笼统地讲，这个过程分两部分：糖酵解和氧化磷酸化。具体见下图：

以人为例，糖酵解主要是把葡萄糖转变为丙酮酸，这个过程不耗氧，它是对葡萄糖的不完全氧化，但是也能产生少量的能量物质 ATP（两个）。最主要的，它是在细胞质内，由这里的一系列酶完成的。然后，在不缺氧的条件下，丙酮酸会进入线粒体，经过氧化磷酸化过程（三羧酸循环和电子呼吸传递链）而完全氧化，生产出三十多个个 ATP。

所以关于题主的问题，内共生发生之前，主要的能量来源应该是糖酵解。这也是现在许多原核生物的生存之道。而真核生物多也没忘了这个“远古技能”。在我们的肌体环境缺氧的时候，供应能量的主要就是糖酵解过程。最典型的两个例子，一个是酵母酿酒，在缺氧的环境下，酵母内发生的糖酵解产物即乙醇（这也是“糖酵解”这个名字的来源）；而另一个例子，比如我们跑步的时候，心肺系统来不及供应足够的氧气，在我们的细胞内部也在发生着糖酵解，只不过人类糖酵解的产物是乳酸，所以我们跑累了会觉得腿酸疼。还有一个更为极端的例子，正常的人体细胞在癌变之后，即便的有氧的环境下，葡萄糖也主要都不通过有氧代谢完全氧化，而是主要代谢为乳酸。所以癌细胞的小生境往往是酸性环境。癌细胞的这种行为被称之为瓦氏效应。

所以，故事也许是：早期的原核生物主要都是靠糖酵解，后来有一些进化出了氧化磷酸化这个技能，再然后有一部分有这种技能的原核生物（比如某些变形菌）被另一些原核生物“吃掉”，却没有被“消化掉”，于是发生了内共生。大家一起就发达了。。。