这个问题很不错，题主有心了。
中国在民国时期新文化运动的时候，引进了西方人称分性别的思想，在用字上使用「他」「她」「它」来对应英语中的 he、she、it。
有些人还嫌不够，又用了牛旁的「牠」来表示动物 tā，而「它」专用来表无生命的 tā。
有一些基督教徒更将这种分化传统发扬光大，觉得仍然不够，觉得万能的上帝应该用专门的字来称呼，于是又造了一个示旁的「祂」（「示」旁字多与「祭祀」、「神祇」有关 。）
于是乎，同一个汉语词「ㄊㄚ/tā」，经过这些分化控的不断努力，分成了五个字：
他：男性或者不强调性别
她：女性
牠：除人类外的其他动物
祂：上帝等神祇
它：除人类之外的事物；无生命物体
接着呢，这帮分化控还嫌不够，觉得用字上虽然区分了，但是读音还是一样。所以他们对这些字的读音进行了不同的规定，并且倡议大家都这么使用。（这个倡议最后没有达成）
他们的规定是：
「他」读「ㄊㄚ/tā」
「她」读「ㄧ/yī」
「牠」读「ㄊㄨㄛ/tuō」或「ㄊㄜ/tē」
「它」读「ㄊㄨㄛ/tuō」
我有图有真相：
（书影摘自《國語辭典》（民國三十六年））
注意看我箭头所标注的几个「又讀」，就是这帮分化控留下的证据。（竟然还上民国官修辞典了。。。）
「她」的又读「ㄧ/yī」，其实借用的就是「伊」字的读音，算是训读。
国府迁台以后，继续对《國語辭典》进行编纂，也就成了如今的《
》
今天的《
》，部分读音仍然沿用《國語辭典》的读音。
比如这个「它們」，《教育部重編國語辭典修訂本》是这么注音的：
算是我找到的一点痕迹。
综上，民国时期有采用的「她」（读作「伊」）来指代女性的用法，不过没有形成气候，以至于没有保留下来。
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在最下面来个小补充
「也」和「它」在古代作偏旁也通用（因为「也」和「它」都是蛇的象形字，所以经常写混淆而通用）。「他」实际上在古代是「佗」的异体字，而「蛇」也有另一种俗写作「虵」。
这样来看，近现代用的「他」、「她」、「牠」、「祂」、「它」其实偏旁都是相同的。
这一部分的字源可以参考
的部落格的文章