1.少数学者认为尼人只是被现代人所同化(Smith et al. 2005; Svoboda 2005)，这样就不存在“灭绝”的问题，而是类似取代和连续演化这两个极端之间的某种折衷。不过，虽然遗传学研究表明现代人体内也有一定比例的尼人 DNA，大多数学者还是把尼安德特人看成是真的灭绝了。
2.多数学者认为尼人灭绝的原因是与解剖学上的现代人的直接或间接的竞争与冲突。所以这个问题也可以转换成现代人相对于更早或同时期的其他古人类的优势何在，现代人何以能够扩展至全球、迁徙达其他古人类之前去不了的地方，等等。原因可能包括：
人口因素，只要在出生率、死亡率或生育间隔上的一点微小差异，就足以导致现代人相对于尼人有巨大的人口优势(Zubrow 1989; Skinner 1997;Flores 1998)。旧石器时代晚期以来的现代人，具有更大的群体规模和更高的人口密度(Gat 1999; Mellars and French 2011)，更大的食谱多样性(Richards et al. 2001; Hockett and Haws 2005)，并且在创新行为能力上表现出一个突发的繁荣(Klein 2009)。后者在考古记录中的表现非常充分： 人工制品类型的标准化； 人工制品历时变化速率和空间多样性程度的快速增加； 经常性地把骨、牙、贝及相关材料塑造成正式的人工制品；无可辩驳的艺术和个人装饰品的大量涌现（暗示抽象或“象征性”思维的能力）；营地空间组织的证据，包括精致的火塘和最古老的无可争辩的结构性建筑； 大量优质石器原料运输至数十甚至数百公里的最古老的证据； 仪式或礼仪的最早的证据 ； 编织和缝纫的证据。虽然尼人除了狩猎动物之外也吃植物，也有墓葬乃至照料老人的证据，也有一些结构性建筑（如房子），甚至可能有艺术和装饰品，但是，且不论这些证据的年代和可靠性问题，即便它们成立，总体上看 5 万年之前这类行为的证据，相比于现代人来说仍然是非常零星和不充分的，也不排除其中一些是接触了现代人之后学习模仿后者的可能性。总之从行为和文化各个方面看，现代人尤其是进入欧洲的那一波人的适应度应该是强于尼人的。
现代人不如尼人的地方，主要表现在一些尼人的体质特征上，比如尼人四肢长骨粗壮、骨壁更厚、肌肉附着明显，说明其肌肉发达，力量更强。但是似乎没有人认为这些特点能在与现代人的竞争中显著增加适应度。正所谓“劳心者智人，劳力者尼安德特人”。需要注意的是，有的回答中说尼人脑量比现代人大，但这指的是绝对脑量——尼人平均 1520cc，高于现代人平均值 100 多 cc。绝对脑量如果能衡量智力，那人还不如鲸。显然要比也只能是比相对脑量——指脑量的大小与身体大小之间的关系，化石人类一般是用脑量商 EQ=(脑重 /kg×1/1.14)/10^(0.76×ln(体重 /kg)+1.77)。由于尼人重量大，算相对脑量的话还是不如现代人，更不要说二者在颅内模结构上的差异了。
3.在尼人灭绝原因的诸多假说中，以往气候因素通常不太被强调。这是因为尼人在西亚的消失大约是距今 5 万年，在欧洲的消失大约是距今 4 万年（局部最晚可能晚到 3 万年左右），这个时间段属于深海氧同位素 3 阶段，即 MIS3 或 OIS3，气温大体与今日相似，与之前的 OIS4 和之后的 OIS2（末次盛冰期）相比，是相对温和、适宜人类生存的。典型的尼人经历了 20 万~4 万年间的多次气候旋回（一些被认为属于早期尼人的标本年代更老），从较大的时间尺度来看，没有道理唯独适应不了 OIS3 的气候。
不过随着研究分辨率的提高，一些古环境信息显示 OIS3 的不稳定性比之前想象的更大，其中一些短暂的寒冷事件以及火山爆发对尼人的影响可能还需要重新评估。因此也有一部分学者提出尼人消失是因为栖息地退化和碎片化，现代人占据尼人领地之前尼人已经灭绝(Finlayson 2004)。没有两个降温事件是完全相同的，因此曾经渡过一个不代表就能适应下一个(Stewart 2005)。这类假说仍把气候和环境视为主要驱动因素，尼人灭绝和现代人无关或至少关系不大。
4.还有一类假说可以视为 2 和 3 的相互作用(Stringer et al. 2003; Lahr and Foley 2003)。比如在尼人和现代人共存时，也许在好光景的时候两者尚可势均力敌，可一旦遇到气候波动、资源减少的情况，现代人在文化适应上的优势（如更有效的社会组织、更强的社群内认同、更广的社群间交流网络）就能起到关键作用，尼人没有那么强的应变能力，这样来自现代人的竞争严重加剧了尼人所面临的生存压力，最终导致尼人灭绝。
其他如疾病，语言等原因，之前答案中已有涉及.
参考文献：
Winfried Henke, Ian Tattersall. (2015)-Handbook of Paleoanthropology
Richard Klein. (2009)The Human Career: Human biological and cultural origins
吴秀杰、刘武、Christopher Norton. (2007) 颅内模——人类脑演化研究的直接证据及研究状况