首先最重要的,气球飞不起来
1、基本的数学与物理规律告诉我们,内外空气密度相等并不能让气球飞起来,只能让气球更容易地被风吹起,也就是减重,你只能让氢气球和氦气球主动上浮
2、气球没有主动动力,即使有,超大规模气球的主动动力飞艇在飞行机动性方面,很难满足生物多样性带来的进化压力,又大又笨重的漂浮物在空中就是靶子

然后,可以退一步说,内外密度相等的气球结构确实是可以有效减重的
实际上很多我们熟识的飞行生物都有类似的结构,没有气球结构的飞行生物还真就不太多
单纯靠硬实力点“扑翼飞行”的动物,只有翼手目等少数扑翼动物,鸟类滑翔也是需要类似固定翼飞机那样的伯努利原理来提供升力的
植物里,蒲公英类(黄花婆罗门参等)就靠无动力的风传,种子飞到哪里算哪里,风滚草类虽然飞不起来但也是这么滚的;
动物中,鱼类可以看做是在水中依靠气球来控制浮沉,毕竟与在天空中不同,空气真的比水轻;
主龙类的鸟和翼龙都拥有中空的骨骼和气囊结构,当然了气囊肺在飞行中的作用更多地仍然是提高呼吸效率高效供氧;

而翼手目只能牺牲掉小腿骨骼和加强龙骨突的肌肉附着来提升飞行能力。

所以飞行生物并不是都没有气球结构,而是很多生物都有浮力系统,但为了更主动的飞行机动,鱼类也要有鳍,鸟类也要有翅膀
综合这两点原因,既然不能靠气球飞起来,那么就不能牺牲身体结构强度去全点气球空间,那没用,但也可以利用起来
所以飞行生物的进化选择方向就成了肢体飞行机动为主,而靠空腔降低身体密度为辅的结构